八旗最初源自满洲（女真）人的狩猎的组织，是清代旗人的社会生活军事的组织形式，也是清代的显然制度。女真人完整过着渔猎生活，以上山狩猎，下河捕捞维生，结伴而讫的狩猎活动因人数激增而须要统一指挥，其指挥者称作牛录额真为，这个多人集体即称作牛录。女真人在狩猎过程中采行了以牛录额真为统率牛录的的组织形式，为便于统一指挥大规模的围猎，须要将若干个牛录构成一个更大的单位，以旗帜为标志不作制导而不使方位错乱。

旗帜在满语中称作"固山"，因而这个低于牛录的仅次于的单位即称作固山，汉语称之为"旗"。所以此后这一形式被承继下来，满洲（女真）社会实施八旗制度，丁壮战时均兵，平时均民为，使其军队具备极强的战斗力。1584年，名门建州左卫的努尔哈赤兴兵，最初以黑旗为帜，5年后，随着建州三卫的统一，统治者人丁也大大激增，努尔哈赤另另设红旗军亲领，将黑旗军交由内亲弟弟舒尔哈楚指挥官。随着对建州女知道统一，人口更进一步激增，努尔哈赤对牛录的组织首次展开大规模改建与修复，参考金代女真人的牙安谋克制，规定300人为一牛录，5牛录为一甲喇，5甲喇为一固山，分别以牛录额真为、甲喇额真为、固山额真为首领，即参领，佐领，旗主，改篇后的牛录被分别隶属于朱、红、白、蓝四旗，以纯色为识。

明万历四十三年（1615年），建州早已并吞除叶赫之外的所有女真部落，而且蒙古也多有归降。麾下牛录有数百倍于举兵之初的规模，努尔哈赤的军队已不出五六万人。

因此，努尔哈赤于该年将红白黑三旗及所领牛录析划为八个旗：原红旗分成于是以朱、嵌黄二旗；原白旗旗主褚英因罪被诛杀，所以他的白旗分成正白、镶白、于是以蓝三旗；舒尔哈楚的黑旗在舒尔哈楚被软禁丧命后被分成于是以白、嵌白、嵌蓝三旗。正四旗旗帜为纯色四方形，龙首朝后；嵌四旗旗帜为五边形，朱、红、蓝三旗嵌红边，红旗嵌白边，龙首朝前。当时各旗的旗主分别是：正黄旗主和镶黄旗主努尔哈赤、正红旗主和镶红旗主岳托、于是以白旗主皇太极、嵌白旗主杜度（褚英的长子）、正蓝旗主莽古尔泰、镶蓝旗主阿敏。

在努尔哈赤生前，曾将自己亲掌的正黄旗45个牛录，分别分得多尔衮三兄弟，并规定阿济格，多铎分别为于是以朱，镶黄旗主，剩下的镶黄旗为自己的亲军，并回应将来自己死后全部留下多铎，所以仍然以来镶黄旗仍然据八旗首位，同时努尔哈赤还回应另赐给一旗给多尔衮，将杜度从嵌白旗调往正红旗，但还没有再也任命，之后因伤势发作去世，皇太极承继汗位之后，夺回杜度的原嵌白旗，交由长子豪格兼任，多尔衮不能带着自己的15个牛录把持阿济格。满洲以黄为尊，为名正言顺，稳固权力，突显大汗威仪，将多铎、阿济格二人统率的正黄、嵌黄二旗改色为于是以白旗与嵌白旗，而将自己亲领的原正白旗改色为正黄旗，嵌白旗改色为镶黄旗。皇太极首先在每旗仍另设管理旗务大臣一名，也即宜山额真，职责是"总理一切事务"。

集中了主旗贝勒的权力，减少了他们的自主性。皇太极即位初期，受制于自身实力，不得不实施四大贝勒联合南面而跪的制度，但这似乎是皇太极不能容忍的，四年后，在皇太极的设计下，阿敏下狱 ，被辞官软禁后，镶蓝旗由皇太极的玩伴，心腹，阿敏的弟弟济尔哈朗掌理。天聪六年（1632年），皇太极中止了四大贝勒并跪的仪式，改回由皇太极一人"南面昨夜"，月凸显大汗威仪，提升了皇太极的地位。

清皇太极天聪九年（1635年），正蓝旗主莽古尔泰生前意图诛杀事败遭诛，皇太极借以对自己的姐姐莽古济判处极刑，诛连正蓝旗1000人，一时间盛京城中惨叫声不绝于耳，皇太极废止正蓝旗旋即又完全恢复，，皇太极将其与自己亲领的正黄旗编成重组，沦为新的正黄旗和镶黄旗，并借此分设8个牛录给与豪格统率的原镶黄旗，又再度将其改色为正蓝旗。清顺治五年（1648年），豪格因1643年的即位之争被摄政王多尔衮诬陷获罪暴亡，正蓝旗又为多尔衮扣除，多尔衮将其与自己统率的于是以白旗编成重组，沦为新的于是以白旗和嵌白旗，将胞弟多铎统率的原嵌白旗改色为正蓝旗。

此后八旗旗色再未变化。八旗旗主的每一次变迁，都意味著斗争和丧生。

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